Ο Νικοτσάρας το θεώρησε θαύμα και εγκαταλείποντας την πειρατεία προσχώρησε στην επανάσταση δίνοντας γενναίες μάχες εναντίον των Τούρκων. Έπεσε δε, ηρωικά μαχόμενος, στην μάχη του Λιτόχωρου σε ηλικία 33 ετών. Όλοι οι οπλαρχηγοί και τα παλικαριά του παρέστησαν στην ταφή του που έγινε, σύμφωνα με την επιθυμία του, στού Λεχουνιού το ρέμα, στης Βαγγελίστρας το Μοναστήρι της Σκιάθου, όπως λένε και τα δημοτικά τραγούδια. Τον έθαψαν μάλιστα με όλο τον οπλισμό του και όλη την περιούσια που ήταν 40 μουλάρια (φορτώματα) χρυσάφι.
Σ' αυτό το Μοναστήρι το Σεπτέμβριο του 1807, πιθανότατα στις 14 του μήνα, ο Νήφων συγκέντρωσε όλους τους οπλαρχηγούς απ' όλη την Ελλάδα και συναποφάσισαν τον αγώνα "κατά θάλασσαν δια των νησιωτικών πλοίων...".

Μεταξύ τους ο Θ.Κολοκοτώνης, ο Παπαβλαχάβας, ο Μιαούλης, οι Λαζαίοι, ο Καρατάσος, ο διδάσκαλος του Γένους Δημητριάδης, ο Σταθάς, ο Νικοτσάρας, ο Λιόλιος, ο Τσάμης και πολλοί άλλοι. Ήταν η μεγαλύτερη σύναξη καπεταναίων που έγινε ποτέ στα χρόνια του Αγώνα.

Σ' αυτήν τη σύναξη τα χέρια του Νήφωνα ευλόγησαν την πρώτη ελληνική σημαία, που σχεδιάστηκε και υφάνθηκε στο Μοναστήρι και "είχεν φόντο γαλανόν και στη μέση μεγάλον λευκό σταυρό...", αυτήν που η εθνοσυνέλευση της Επιδαύρου το 1823, όρισε επίσημο τύπο της σημαίας μας.
Όλα τα Μοναστήρια μας βοήθησαν την επανάσταση. Τούτο εδώ όμως τα έδωσε όλα. Και σαν να μην έφταναν όλα αυτά το Μοναστήρι παρασκεύαζε 2.000 μερίδες φαγητό και 2.000 καρβέλια ψωμί ημερησίως για τις ανάγκες του Αγώνα. Όλος ο όροφος πάνω από την τράπεζα του είχε διαμορφωθεί σε νοσοκομείο που διέθετε το καλύτερο χειρουργείο της εποχής εκείνης για τους τραυματισμένους και άρρωστους αγωνιστές. Γι' αυτό μετά την απελευθέρωση ο ναύαρχος Λάζαρος Κουντουριώτης το γέμισε με δώρα, Ιερά Λείψανα, εικόνες, ιερά σκευή και πολλά αλλά σε αναγνώριση των υπηρεσιών της Μόνης στον αγώνα.